Mark Webber se narodil jako syn prodejce motocyklů. Také kvůli tomu začal na dvou kolech s motokrossem. Nakonec ale převážil zájem o čtyři kola a Webber začal závodit na motokárách. V roce 1993 vyhrál motokárový šampionát státu New South Wales.
V následujícím roce přestoupil do Formule Ford, kde měl svůj vlastní tým. V roce 1995 si vyzkoušel Formula Ford Festival a Ralf Firman mu nabídl místo pro rok 1996. Titul sice nezískal, ale vyhrál tři důležitá klání. Poté závodil v Britské sérii F3, ale potýkal se s finačními problémy, které mu nakonec pomohla vyřešit australská rugbyová hvězda David Campese. Svými výkony upoutal pozornost Norberta Hauga z Mercedesu. V roce 1998 patřil do týmu Mercedes-Benz sportscar jako týmový kolega Bernda Schneidera. Po dvou nehodách v Le Mans se Webber rozhodl pokusit se o Formuli 1. Díky Paulu Stoddartovi se Webber dostal do Formule 3000, kde v roce 2000 skončil třetí.
Tyto výsledky mu přinesly testování pro Benetton F1 a místo u Super Nova Racing ve Formuli 3000. V boji o titul však podlehl Justinu Wilsonovi. V roce 2002 již závodil ve Formuli 1 za tým Minardi a bodoval ihned ve svém prvním závodě. V následujících dvou letech závodil Webber za Jaguar, ale jeho vůz nebyl nikdy konkurenceschopný. V roce 2005 přestoupil Australan do Williamsu, ale ten se vzpamatovával ze svého rozchodu s BMW a Webber tak opět neměl dobrý vůz. Sezóna 2006 byla u Williamsu ještě horší a Webber se rozhodl přestoupit do Red Bullu, ve kterém závodí od roku 2007.
První sezóna v rakouské stáji Webberovi příliš štěstí nepřinesla, kvůli nespolehlivosti svého monopostu několikrát musel vzdát závod z nadějné pozice. V roce 2008 to již byl Webber, kdo vedl tým Red Bull Racing na trati. Australan získal více než dvě třetiny bodů týmu, ale svoji sbírku pódií nerozšířil.
V roce 2009 dostal Webber nového týmového kolegu Sebastiana Vettela, ale především poprvé v kariéře také velmi rychlý vůz, který mu umožnil bojovat na špičce startovního pole. V Německu se dočkal prvního vítězství, ale v boji o titul nevydržel až do konce roku.
Ještě lépe vyšla Australanovi sezóna 2010, když polovinu roku vedl průběžnou klasifikaci jezdců. V posledních závodech ale neudržel krok se svými soupeři a nakonec mu patřilo třetí místo. Po sezóně prozradil, že od Japonska závodil se zlomeným ramenem. V roce 2011 Webberovi dlouho trvalo, než se naučil pracovat s novými pneumatikami Pirelli. Než se stihl rozkoukat, jeho týmový kolega Vettela si vybudoval velký bodový náskok. Na Australana tak znovu zbylo v šampionátu třetí místo. Smlouvu s Red Bullem prodloužil i na sezónu 2012.
Ta byla pro rakouskou stáj znovu mistrovská, ovšem Webber toho nedokázal využít. V boji o titul nevydržel až do konce a v poháru jezdců obsadil až šesté místo, i když jeho týmový kolega Vettel získal třetí titul v řadě. Přesto si od Red Bullu zasloužil další prodloužení kontraktu.